Die Perchtoldsdorfer Heide und der Perchtoldsdorfer Wald sind Teil des UNESCO Biosphärenparks Wienerwald.
Fast die Hälfte des Gemeindegebietes von Perchtoldsdorf liegt im Natura 2000 Schutzgebiet "Wienerwald-Thermenregion".
Auch der nahe dem Ortszentrum und weitgehend isoliert von anderen Trocken- und Halbtrockenrasen gelegene, 310 m hohe Hochberg (N 48°07', O 16°16') ist Teil dieses Natura 2000 Schutzgebietes. Als niederösterreichisches Naturdenkmal genießt er schon seit 1968 besonderen Schutz. Im Jahr 2019 wurde die aculeate Hautflügler-Fauna des Hochbergs durch Beobachtungsdaten und Sichtfang mit anschließender Einzelbelegentnahme erfasst. Insgesamt wurden 174
Arten festgestellt.
Hochberg Erhebung der Aculeatenfauna Hymenoptera (Zettel_2020)
Seit 2016 steht auch der Bereich Teufelstein-Fischerwiese samt Steinbruchsee unter Naturschutz.
Die Marktgemeinde Perchtoldsdorf verzichtet seit 2015 auf den Einsatz chemisch-synthetischer Pflanzenschutzmittel im öffentlichen Raum.